濯亞國際學院的課程規劃包括基礎課程及特色課程,在基礎課程方面,國語文是採取多文本歷程化教學;數學則是採用芬蘭國小數學,強調概念理解與推理;而英語課程是採用沉浸式教學;自然科學是用主題式探究法與實作;社會科學則以培養國際公民素養為導向。
濯亞國際學院教的不只是知識,像是基礎數學在教邏輯、英文在教表達、國文在教怎麼念書,怎麼做綜效思考,教學生能運用格物致知能力,不斷辯證與反思、創新及超越自我。周巽正牧師則以自己的孩子學習數學為例說明,孩子是先對數字有感覺,還不會九九乘法表時,已經能運用邏輯解題,邏輯底子打好,就無須硬記死背。